個人資料保護法目前窒礙難行，根據立法院公報顯示，這項法案在國會審查過程中，朝野立委已針對行政院版本提出不少質疑，尤其第六條有關個人性生活不得蒐集、處理或利用的規定，當時的民進黨立委賴清德質疑「性生活」與「性行為」界定不明，有政府介入夫妻的性生活的疑慮。
對於個資法引起混淆的內容，賴清德當時說，若性生活指一段穩固關係所產生的性行為，這就不可以蒐集嗎？但是萍水相逢的一夜情，就可以蒐集？在場備詢法務部官員根本無法說明，只能推給日後在施行細則明定。
國民黨立委吳清池當時也提出，法務部是以防止電腦資訊詐騙的角度修法，但是修法卻綁死候選人，他舉例，碰到選舉期，候選人要取得選民姓名、電話、住址等，是否受個資法保護？他認為個資法應該排除選舉使用限制。可是，法務部一樣無法說明，只推給如果是經合法程序向電信公司索取個人已公開的資料，則可合法運用。
吳清池說，書面通知當事人，取得同意才能去拜票，根本就不可行，如果取得個資都必須當事人書面同意，大家都不必選了。
吳清池質疑，銀行移轉債權的催債者，是銀行以外的第三者，當取得資訊後，很容易把資訊流出去。尤其許多銀行轉讓債權，可是債務人並不知道，行使催債的人，又要如何證明自己是銀行的人？委託催收的人，不具備資格時，債權一再轉讓，會產生爭議。
當時的國民黨立委朱鳳芝認為，個資法沒有專責單位負責，政府機關會推來推去，她主張要有單一專責機關負責。法務部回答說，法律有點複雜，要找專責單位負責，可能有問題。朱鳳芝希望法務部負責，當時備詢的法務部次長蔡茂盛說，不敢說法務部可以負責，法務部不是主管機關，但會擔起職責。
國民黨立委謝國樑說，前立委邱毅揭發陳哲男與陳敏賢到韓國濟州島賭場照前，難道也要先通知兩位當事人嗎？他認為，立法是規範犯罪，不該連揭發犯罪的人一併規範到了。
謝國樑表示，個資法規定有行政檢查權，有侵入司法權的嫌疑，使用行政檢查權就可以到民眾家中，扣押帶回硬碟、電腦。在場的法務部官員都認為，確實是有爭議。 ...............................................................................................................................
註：《個資法》第6條：有關醫療、基因、性生活、健康檢查及犯罪前科之個人資料，不得蒐集、處理或利用。但有下列情形之一者，不在此限：一、法律明文規定。二、公務機關執行法定職務或非公務機關履行法定義務所必要，且有適當安全維護措施。三、當事人自行公開或其他已合法公開之個人資料。四、公務機關或學術研究機構基於醫療、衛生或犯罪預防之目的，為統計或學術研究而有必要，且經一定程序所為蒐集、處理或利用之個人資料。前項第四款個人資料蒐集、處理或利用之範圍、程序及其他應遵行事項之辦法，由中央目的事業主管機關會同法務部定之。《個資法》第54條：本法修正施行前非由當事人提供之個人資料，依第九條規定應於處理或利用前向當事人為告知者，應自本法修正施行之日起一年內完成告知，逾期未告知而處理或利用者，以違反第九條規定論處。
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